故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入

在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，

在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0156年，地球联邦政府经历了与祖母星格兰地玛斯有史以来的

喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。

自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的脑袋，开始出现了庞大的”负荷”……

与地球不同次元，名为“疫苗界”的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天，封印在那里的病毒大王“暗魔”逃了出来，往地球的方向逃亡。正为此事烦恼的疫苗界女神“玛雅”命令见习守护兽“麦丸”去追捕暗魔及暗魔所

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟