影片中，这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。

动物基因组学（帝王计划）研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。在2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万，甚至好几万年的历史，它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的生态平衡，哥斯拉苏醒了，它去消灭那些